S certificiranim sistemom vodenja kakovosti in akreditiranimi dejavnostmi strankam zagotavljamo mednarodno priznano strokovno usposobljenost, nudimo zaupanje v rezultate preskušanja, omogočamo mednarodno priznavanje poročil o preskusih ter izboljšujemo kakovost naših dejavnosti, laboratorijskih storitev in načina poslovanja zavoda kot celote in posameznih laboratorijev. Certificiranje in akreditiranje dejavnosti nam omogoča prehod v celovito obvladovanje kakovosti in poslovno odličnost. Akreditacija posameznih dejavnosti pa je pomembna zlasti za tiste naročnike laboratorijskih storitev, pri katerih je področje preskušanja zakonsko regulirano.

Na področju sistemov vodenja kakovosti delujemo na treh ravneh:

• Zagotavljanje kakovosti posameznih dejavnosti zavoda v skladu s standardom SIST EN ISO/IEC 17025:2005.
• Zagotavljanje kakovosti storitev celotnega zavoda v skladu s standardom SIST ISO 9001:2008.
• Kakovost naših storitev preverjamo s sodelovanjem v mednarodnih medlaboratorijskih primerjalnih shemah.

V letu 2005 smo pričeli z aktivnostmi za integracijo posameznih sistemov in v letu 2008 s postopki za enovito akreditacijo naših dejavnosti. Rezultat teh aktivnost je enotna akreditacijska listina LP-019 , ki jo je izdala Slovenska akreditacija 11. januarja 2010.

Certifikati in akreditacijske listine:

Certifikat ISO 9001:2008 - certificiran sistem vodenja po zahtevah standarda SIST ISO 9001:2008, ki ga je izdal TÜV SÜD Management Service, reg. št. certifikata 1210019468 TMS.
Datum prve izdaje: 29.07.2003; velja do: 26.11.2012.

Akreditacijska listina LP-019 in Priloga k akreditacijski listini LP-019, ki jo je izdala Slovenska akreditacija, datum izdaje: 11.01.2010; datum prve podelitve: 27.11.2002.; za naslednje preskuševalne laboratorije in akreditirana področja:

a) Sanitarno-kemični laboratorij
- Kemija (2.04) - Kemična analiza: pitne, podzemske, površinske, izvirske, mineralne in odpadne vode;
- Kemija (2.04) - Kmetijski izdelki in živilski proizvodi;
- Kemija (2.04) – Drugo.
b) Služba za higieno, ekologijo in epidemiologijo - Oddelek za ekologijo
- Akustika in vibracije (2.01) - Hrup;
- Kemija (2.04) - Kemična analiza: zrak;
- Drugo (2.14) - Varstvo okolja: zrak.
c) Služba za higieno, ekologijo in epidemiologijo - Oddelek za higieno
- Kemija (2.04) - drugo: vzorčenje, fizikalne metode preskušanja.
č) Mikrobiološki laboratorij - Oddelek za sanitarno mikrobiologijo
- Biologija, mikrobiologija, biokemija (2.02) – hrana, pijača.